El Colegio NACIONAL “Eloy Alfaro” de Santo Domingo de los Tsáchilas es un establecimiento fiscal que ha venido funcionando legalmente con el respectivo Acuerdo Ministerial Nº 0801 de fecha 20 de abril de 1981. Emitido por la Dirección Nacional de Planeamiento. En el que se autoriza el funcionamiento del Bachillerato en Humanidades, especializaciones Químico Biológicas  y Ciencias Sociales sección nocturna, a partir del año 1981-1982. Nº 747, de fecha 22 de marzo de 1984, se autoriza el funcionamiento del tercer curso del bachillerato en ciencias especializaciones químico-biológicas y ciencias sociales, a partir del año lectivo 1984-1985, sección matutina Nº-283 de fecha 25 de febrero del 2000, se autoriza el funcionamiento  de tercer curso de bachillerato en ciencias, especialización físico-matemáticas, jornada diurna y nocturna, a partir del año lectivo  1999-2000, régimen costa. Se obtiene la autorización del funcionamiento del bachillerato  técnico en Comercio y Administración, especialización contabilidad y administración, a partir  del año lectivo 2006-2007, régimen costa, de conformidad al Decreto Ejecutivo 1786 del 21 de agosto del 2001 y Acuerdos Ministeriales Nº-3425 de fecha 27 de agosto del 2004 y Nº-334 de fecha 18 de octubre del 2005.

Con la nueva creacion de la jornada vespertina en el año 2013-2014